和田玉生成之初，被它周圍的巖石包圍得密不透風，雖經兩億多年，玉礦的狀態幾乎不變，但是一旦地殼發生了變化，玉礦被擠壓上升到了海拔5000米以上。經過自然界的風化剝蝕、冰川的刮削等，最后終于使其暴露在大山的表層，玉礦的原生狀態開始改變，玉也隨著生存環境的變化而改變其原來的品貌。
玉的顏色可以分為兩大類，一是原生色，二是次生色。原生色包括玉的本色，玉中雜質的顏色，玉與圍巖相接之處玉與石交融的顏色，以及玉在成礦過程中再次交融、再次變質改變的顏色。
玉的原生色又可分為：白、黃、青、碧、墨等，它們之間的交融和玉中雜質色澤的參與，也會呈現不同的色彩。人們也往往依據玉的不同色彩來給玉命名，區分不同的玉種。
次生色可分為天然次生色和人為次生色。天然次生色完全是自然所為，如風化、淋濾、靠染、光照、氧化，使玉的原來顏色發生改變。人為次生色是玉被人開采之后，制作成為各種器物，由人盤摸、染色、隨葬，后發掘出土，再為人所佩戴、把玩而造成的顏色改變。
天然次生色是玉形成之后，在漫長的地質年代，特別是褶皺上升到山上或初露地表之后，玉與周圍的巖石、土壤、植物發生接觸，通過滲透、浸泡、晾曬、靠染等作用，一些礦物成分進入玉中，玉中的一些礦物成分也會發生變化，這些都能改變玉石的原來顏色。同源山料沖到下游變成了籽料之后，因為經歷的外界環境不同，時間長短的不同，“旅行”路途的不同，次生物質滲入玉中就不同，玉的表皮風化轉色和玉質本身色澤的變化也就不同。這樣才有了各種籽料不同的皮色與玉色。玉的這種顏色的改變完全是自然使入，非人為參作，所以稱之為天然次生色。玉的原生色受到次生因素的侵擾，就會慢慢改變原來的顏色，這種物理、化學、人為環境的作用，使玉帶上了次生顏色。
一旦玉進入了人們的生活，就會受到人為因素的影響。在長期佩戴、盤摸的過程中，傳世的玉器會在表皮和內部慢慢出現轉色。這是人們的汗脂、生活物品的接觸、空氣的氧化、光照等因素的影響造成的，不少傳世古玉還會在玉的皮殼上留下細細的磨痕。葬玉會與墓葬中的物品相互接觸，使玉受到沁變，從而改變了原來的顏色。還有的是人為在玉器的某個部位加工做上顏色，這種顏色的改變是人類活動造就的，所以叫人為次生色。下面介紹幾種顏色容易混淆的識別方法：
邊玉（邊石） 它看上去既像玉又像石，有不同的顏色，色澤分布也好像受沁的古玉、老化的美玉。這種玉實際上是玉礦的邊沿和巖石交界之處的邊玉（邊石），它的色澤與古玉受沁是不同的。
皮色 是玉石在自然界形成的天然次生色，其顏色有黑、黃、栗等。不少玉工在制作玉器藝術品時，有的故意將皮色留下作為“俏色”，也有的留下一些皮色以示是正宗籽料。
作色 人工作色屬玉的人為次生色，也是對玉的一種藝術加工，同時也被制假者利用造假作古。雖然作色也是從皮殼開始，沿綹裂、玉質薄弱處滲入玉肌，但它的顏色呆板、層次不清。而作色則是短期行為，它們不可能完全相像。人工作色用燒、煮、化學腐蝕等手段作成之后，皮殼上會留下黯然受損的作色部位，或顏色只是浮在表面，仔細端詳也就會明白分辨。
